Nach dem für Österreich-Ungarn verlorenen Ersten Weltkrieg werden das vornehmlich deutschsprachige Südtirol ebenso wie das vornehmlich italienischsprachige Welschtirol im November 1918 von Italien besetzt und aufgrund des Vertrages von St. Germain am 10. Oktober 1920 offiziell annektiert. Dies hat auch für die Haflingerzucht weitreichende Folgen. Die aufwendigen Fördermaßnahmen der k. u. k. Monarchie gibt es nicht mehr, die zuvor starke Nachfrage geht zurück. Die Zeiten sind für die Bevölkerung und die Pferdezucht denkbar schlecht. Erschwerend für die Zucht kommt hinzu, dass die Hengste größtenteils in Österreich geblieben sind, während sich die hochwertigen Mutterstuten in Südtirol befinden. 

Der vollkommene Zusammenbruch der Zuchtarbeit bleibt allerdings aus, denn die Personen, die für die Zucht maßgebend waren, bleiben. Ein Jahr nach der Angliederung Südtirols greift der italienische Staat als neuer Territorialherr regelnd in die Zucht ein, übernimmt die ehemaligen k. u. k. Beschäler und verteilt verbliebene und neu erworbene Hengste auf bestehende und neue Deckstellen.

In Deutschland liegen die Anfänge der Haflingerzucht in den späten 1930er Jahren, als die deutsche Heeresverwaltung in Südtirol Pferde für die Gebirgstruppen einkauft, die bald darauf auch außerhalb des Heeres Anhänger finden. So werden von 1936 bis 1938 rund 100 Haflingerstuten von Südtirol nach Bayern exportiert. Die deutschen Käufer entscheiden sich vermehrt für den schweren Typ, während die österreichischen Einkäufer den drahtigen und edlen Haflinger bevorzugen. Die starke Entwicklung und Verbreitung des Haflingers auf europäischer Ebene beginnt nach 1945, begünstigt unter anderem durch zahlreiche Ausstellungen. 1958 werden die ersten Haflinger nach Amerika exportiert. Besonderer Dank für seine Verdienste bei der Vermarktung und internationalen Verbreitung des Haflingers gebührt dem Haflinger Pferdezuchtverband Tirol.

Am Fohlenhof in Ebbs/Tirol wird die erste internationale Organisation, die Welt Haflinger Vereinigung, gegründet. 

Zum Präsident wird Otto Schweisgut gewählt, der sich in den vergangenen Jahrzehnten vor allem für die weltweite Verbreitung der Rasse verdient gemacht hat. Er bleibt Präsident bis zum Jahr 2000. Nach seinem Rücktritt wird Johannes Schweisgut zum Präsidenten gewählt.

Die großen Verdienste der Welt Haflinger Vereinigung um die Rasse sind unbestritten; dennoch fühlen sich einige Zuchtorganisationen aus verschiedenen Gründen nicht adäquat vertreten und gründen im September 2003 in Bozen/Italien den Europäischen Verband der Haflinger Pferdezüchter. Gründungsmitglieder sind die zuchtbuchführenden Organisationen in Deutschland, Frankreich und Italien.

Die Existenz von zwei internationalen Dachorganisationen führt dazu, dass die Kluft zwischen den beiden Hauptzuchtgebieten Südtirol und Nordtirol immer größer wird. Gleichzeitig fehlt ein gemeinsamer Bezugspunkt auf internationaler Ebene: Einige Zuchtorganisationen erkennen Italien und damit den Italienischen Nationalverband ANACRHAI als ursprungszuchtbuchführende Organisation an und orientieren sich daher am Europäischen Verband der Haflinger Pferdezüchter, andere folgen den Grundsätzen des Haflinger Pferdezuchtverbandes Tirol und damit der Welt Haflinger Vereinigung. Mit dem Führungswechsel im Haflinger Pferdezuchtverband Tirol kommt es zur Annäherung zwischen Nord- und Südtirol und schließlich zur Einigung in der Frage des Ursprungszuchtbuches zwischen Italien und Österreich, was auf internationaler Ebene mit großem Wohlwollen aufgenommen wird.